「教えてください」とのリクエストがあったので、さっそく書いてみます。
�@コードフリークの自動認識機能をOFFにします。
�A新しいゲームとして適当な名前で登録します。
�Bそのゲームのマスターコード（M)を登録します。

ダイヤN0
800030E5 4144414A
F238F5F4 223FC000

ダイヤN5
8000475E 4144414A
F238F5F4 223FC000

パールN0
80008BB2 4150414A
F238F5F4 223FC000

パールN5
8000FC09 4150414A
F238F5F4 223FC000

（注）ダイヤ・パールともN6の場合はコードを変更しないと使えないようです。
下の（M)ももしかしたら違うのかもしれません。
ダイヤN6
8000E5E8 4144414A
F238F5F4 223FC000

パールN6
800040A8 4150414A
F238F5F4 223FC000

上記の（M)と次のコードの組み合わせでなるはずです。
自己責任でお試し下さい。

［野生のポケモン必ず色違いで出現］
A206EBA8 47004800
A206EBAC 023AA001
A23AA000 6800480D
A23AA004 490B6840
A23AA008 88011808
A23AA00C 9C0D8842
A23AA010 40510C24
A23AA014 20074061
A23AA018 04244041
A23AA01C 940D430C
A23AA020 21001C28
A23AA024 F4C3AA0D
A23AA028 4801FF4F
A23AA02C 46C04700
A23AA030 0206EBB1
A23AA034 000002E0
A23AA038 021C6588

［ボックス内のポケモンを選択して｢マーキング→けってい｣で色違いに変更］
A206DAB0 47004800
A206DAB4 023A9011
A23A9010 88049800
A23A9014 88BE8845
A23A9018 407788FF
A23A901C 0A24407C
A23A9020 407D70C4
A23A9024 407D2707
A23A9028 B0137005
A23A902C 46C0BDF0
※性格も変わります

Dipstarコードのマスター不要のものはこの手法でいけるはずです。
みなさん頑張ってさがしてねー。